L'un des huit experts chargés d’élaborer des projets pour la création du CERN, Bakker est ensuite devenu directeur du groupe responsable de la conception du SC.

En 1951, Cornelis Jan Bakker (1904-1960, de nationalité néerlandaise) a été invité par Pierre Auger (directeur du Département des sciences naturelles de l’UNESCO, à Paris) à être l’un des huit experts chargés d’élaborer des projets pour la création du CERN. En 1952, il est devenu directeur du groupe responsable de la conception et de la construction du Synchrocyclotron (SC) du CERN, puis il a intégré le Directoire, en qualité de Directeur de la division SC à temps partiel.

Il a succédé à Felix Bloch, en tant que Directeur général du CERN, en septembre 1955, et a occupé cette fonction jusqu’à son décès, en avril 1960, dans un accident d’avion. John Bertram Adams a été nommé Directeur général par intérim pour les 15 mois suivants.